巴厘島北部有一火山帶貫穿東西，其中最高為阿公火山（Gunung Agung） 3，142 米。火山帶往南及北延伸，為島上主要生產(chǎn)農(nóng)作物的肥沃稻田。
巴厘島西部人口稀少，是島上唯一的非耕種區(qū)域，也是巴厘島國家公園所在地，這里為茂密的樹木叢生區(qū)域，內(nèi)有豐富罕見的植物和鳥類，以及壯觀的海底世界。
最高山：東北部的阿貢山（Gunung Agung），海拔3，142公尺，被稱為「世界的肚臍」。
最大湖泊：巴杜爾湖（Danau Batur）
最主要的兩條河流：帕克里桑河（Pakrisan）和貝塔努河（Petanu），這兩條被視為圣河的兩岸，曾經(jīng)發(fā)現(xiàn)許多古代帝國的遺跡。
國家森林保護區(qū)：西部的珍巴拉納（Jembrana），是仍居住著熊、野豬，和鹿等生物的熱帶叢林。
巴厘島地處赤道，氣候炎熱而潮濕，是典型的熱帶雨林氣候。在低處，平均溫度在攝氏21和33度之間，但山區(qū)溫度可以低至攝氏5度。濕度根據(jù)地區(qū)及季節(jié)不同而異，總體而言很高，平均濕度約在60%-100%之間。一般而言，印度尼西亞可分為兩個季節(jié)：東南季風(fēng)帶來干燥天氣（干季），西北季風(fēng)帶來豐沛的雨水（雨季）。
雨季從11月持續(xù)到3月，1月至2月是雨季的最高峰，每天下雨好幾個小時，特別是在巴厘島中心的小山上。這時期下雨是可以預(yù)期的，然而總會間以陽光出現(xiàn)雨水稍停的時候。下雨之前，空氣中充滿濕黏的悶熱感；雨后則立刻讓人感覺清涼舒暢。4月到10月是干季，是攀登山峰或參觀自然保護區(qū)的最佳時節(jié)。

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